Não é possível instalar GitHub Apps de terceiros em organizações pertencentes à sua instância. Se você quiser usar a funcionalidade de GitHub App de terceiros, entre em contato com o desenvolvedor do aplicativo para tornar o GitHub App disponível para GitHub Enterprise Server. Para saber mais, confira Disponibilizando seu aplicativo GitHub para GitHub Enterprise Server.
Para obter mais informações sobre como instalar GitHub Apps de sua propriedade, confira Instalando seu próprio aplicativo GitHub.